AT1G23820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : spermidine synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Spermidine synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
spermidine synthase 1 (SPDS1); FUNCTIONS IN: spermidine synthase activity; INVOLVED IN: spermidine biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spermine synthase (InterPro:IPR001045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: spermidine synthase 2 (TAIR:AT1G70310.1); Has 5258 Blast hits to 5255 proteins in 1502 species: Archae - 169; Bacteria - 2896; Metazoa - 353; Fungi - 199; Plants - 416; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1225 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8420278..8422724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41681.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIFSVVRSSL PYIFRFTSHQ NHHLSQTLVP PLSHFSEIFT RAITMDAKET SATDLKRPRE EDDNGGAATM ETENGDQKKE PACFSTVIPG WFSEMSPMWP 101: GEAHSLKVEK VLFQGKSDYQ DVIVFQSATY GKVLVLDGVI QLTERDECAY QEMITHLPLC SIPNPKKVLV IGGGDGGVLR EVARHASIEQ IDMCEIDKMV 201: VDVSKQFFPD VAIGYEDPRV NLVIGDGVAF LKNAAEGSYD AVIVDSSDPI GPAKELFEKP FFQSVARALR PGGVVCTQAE SLWLHMDIIE DIVSNCREIF 301: KGSVNYAWTS VPTYPSGVIG FMLCSTEGPD VDFKHPLNPI DESSSKSNGP LKFYNAEIHS AAFCLPSFAK KVIESKAN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)