AT1G20340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cupredoxin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
recombination and DNA-damage resistance protein (DRT112) One of two Arabidopsis plastocyanin genes. Predominant form, expressed 10x higher than PETE1. PETE2 is thought to be post-transcriptionally regulated via copper accumulation and is involved in copper homeostasis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA-DAMAGE-REPAIR/TOLERATION PROTEIN 112 (DRT112); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, copper ion binding; INVOLVED IN: response to UV, response to chemical stimulus, copper ion homeostasis, negative regulation of translation, response to copper ion; LOCATED IN: thylakoid, thylakoid lumen, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Blue (type 1) copper protein (InterPro:IPR001235), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Plastocyanin (InterPro:IPR002387), Blue (type 1) copper domain (InterPro:IPR000923); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plastocyanin 1 (TAIR:AT1G76100.1); Has 1286 Blast hits to 1278 proteins in 235 species: Archae - 146; Bacteria - 416; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 206; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 511 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7042770..7043273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16985.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 167 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVTSATVA IPSFTGLKAS TIKSSATVRI QTAAVASPKL TVKSSLKNFG VAAVAAAASI ALAGNAMAIE VLLGGGDGSL AFIPNDFSIA KGEKIVFKNN 101: AGYPHNVVFD EDEIPSGVDV AKISMDEQDL LNGAGETYEV ALTEPGTYSF YCAPHQGAGM VGKVTVN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)