AT1G07140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.900 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pleckstrin homology (PH) domain superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative Ran-binding protein (siRanBP). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SIRANBP; FUNCTIONS IN: Ran GTPase binding; INVOLVED IN: intracellular transport, protein import into nucleus, translocation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran binding protein 1 (InterPro:IPR000156), Pleckstrin homology-type (InterPro:IPR011993); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pleckstrin homology (PH) domain superfamily protein (TAIR:AT2G30060.1); Has 2132 Blast hits to 1580 proteins in 275 species: Archae - 9; Bacteria - 76; Metazoa - 1014; Fungi - 369; Plants - 163; Viruses - 39; Other Eukaryotes - 462 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2192360..2193688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25602.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 228 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATNEPEHEH RDEEEAGANE DEDTGAQVAP IVRLEEVAVT TGEEDEDAVL DLKSKLYRFD KDANQWKERG AGTVKFLKHK NTGKIRLVMR QSKTLKICAN 101: HFVKSGMSVQ EHVGNEKSCV WHARDFADGE LKDELFCIRF ASIENCKTFM QKFKEVAESE EEKEESKDAA DTAGLLEKLT VEETKTEEKT EAKAVETAKT 201: EVKAEEKKES EAEKSGEAKK TEESGPST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)