AT1G05190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L6 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 2394 (emb2394); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, rRNA binding; INVOLVED IN: translation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, large ribosomal subunit, membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L6 (InterPro:IPR000702), Ribosomal protein L6, bacterial-type (InterPro:IPR019906), Ribosomal protein L6, alpha-beta domain (InterPro:IPR020040), Ribosomal protein L6, conserved site (InterPro:IPR002358); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L6 family protein (TAIR:AT2G18400.1); Has 8498 Blast hits to 8498 proteins in 2848 species: Archae - 226; Bacteria - 5468; Metazoa - 15; Fungi - 189; Plants - 125; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2475 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1502515..1503738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24707.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 223 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSLVSSFQ PRSAFLGDRN VFKVSSTPFA QVGYSSKTIE CKESRIGKQP IAVPSNVTIA LEGQDLKVKG PLGELALTYP REVELTKEES GFLRVKKTVE 101: TRRANQMHGL FRTLTDNMVV GVSKGFEKKL ILVGVGYRAT VDGKELVLNL GFSHPVKMQI PDSLKVKVEE NTRITVSGYD KSEIGQFAAT VRKWRPPEPY 201: KGKGVKYSDE IVRRKEGKAG KKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)